(1) uskunalarni tanlash. Farmatsevtika uskunalarini tanlashda ba'zi muammolar mavjud, masalan, tajriba asosida tanlash (haqiqiy hisob-kitobsiz yoki ma'lumotlar yetarli emas), ko'r-ko'rona ta'qib qilish va jismoniy ma'lumotlarni yetarlicha o'rganish, bu uskunaning amaliyligi va tejamkorligiga jiddiy ta'sir qiladi.

(2) uskunalarni o'rnatish va o'qitish. Farmatsevtika uskunalarini o'rnatish jarayonida ko'pincha qurilish jarayoniga e'tibor beriladi, qurilish sifati e'tiborga olinmaydi, bu esa keyingi davrda uskunalarga texnik xizmat ko'rsatish xarajatlarining oshishiga olib keladi. Bundan tashqari, uskunalarga texnik xizmat ko'rsatish va ekspluatatsiya qiluvchi xodimlar uchun yetarli darajada o'qitishning yo'qligi farmatsevtika uskunalarini boshqarish va ularga texnik xizmat ko'rsatish uchun ham xavf tug'diradi.

(3) axborotlashtirishni boshqarish va texnik xizmat ko'rsatishga yetarli investitsiyalar kiritilmagan. Hozirgi kunda ko'plab korxonalar uskunalarni boshqarish va texnik xizmat ko'rsatishga, shuningdek, uskunalarni texnik xizmat ko'rsatish yozuvlarini boshqarish va asosiy parametrlarni qayd etishga katta ahamiyat berishsa-da, ba'zi muammolar hali ham mavjud, masalan, texnik xizmat ko'rsatish bo'yicha ma'lumotlarni taqdim etish qiyinligi, samarali farmatsevtika uskunalari spetsifikatsiyasi ma'lumotlarining, masalan, spetsifikatsiyalar, chizmalar va boshqalarning yo'qligi, bu ko'rinmas uskunalarni boshqarish, texnik xizmat ko'rsatish va rekonstruksiya qilishning qiyinligini oshirdi.

(4) boshqaruv tizimi. Samarali boshqaruv tizimi va usullarining yo'qligi, natijada farmatsevtika uskunalarini ta'mirlash xodimlarini boshqarish yetarli emas, texnik xizmat ko'rsatish xodimlarining ishi standartlashtirilmagan, farmatsevtika uskunalarini boshqarish va ta'mirlash jarayoni xavfsizlikni yashiradigan xavflarni qoldiradi.